Alors qu’il existe une susceptibilité génétique aux MICI, la probabilité de développer la maladie est modifiée par l’alimentation, le mode de vie, et des facteurs endogènes, notamment le microbiote intestinal. Par exemple, des apports importants de mono- et disaccharides et de graisses totales augmentent systématiquement le risque de développer les deux formes de MICI.

Des apports importants en légumes réduisent le risque de CU, tandis qu’une augmentation des apports en fruits et/ou en fibres alimentaires semble être protecteur contre la MC.

De faibles taux de certains nutriments, particulièrement la vitamine D, peut augmenter le risque des deux maladies.

Les modèles alimentaires semblent encore plus importants dans la susceptibilité aux maladies que les taux d’aliments ou de nutriments individuels.

Des régimes alimentaires variés peuvent modifierles symptômes de la maladie, en partie via leurs actions sur le microbiote de l’hôte.

A la fois les probiotiques et les prébiotiques peuvent moduler la microflore, et réduire la probabilité de progression de la MICI.

Néanmoins, d’autres facteurs alimentaires affectent le microbiote de différentes façons. La capacité à distinguer les causes des effets, et à caractériser les rôles relatifs des gènes humain et microbien, l’alimentation, l’âge de début, le sexe, le mode de vie, le passé tabagique, le passé ethnique, les expositions environnementales et le traitement médicamenteux, va nécessiter des approches innovatrices et internationalement intégrées.